با اينكه راجع به وضع زندانهاي ايران در دوران باستان اسناد و مداركي در دست نيست اما آنچه كه مسلم است در قلعه ها ، زندانهائي بنا مي شد و پادشاهان و حكمرانان مخالفين خود را در آنجا زنداني و سپس به وضع فجيع از بين مي بردند .
حبس جزء مجازاتها نبود بلكه وسيله اي براي از ميان بردن بي سر و صداي اشخاص بلند مرتبتي بود كه وجودشان براي كشور و يا پادشاه خطر داشت .
قلعه مستحكمي در گل گرد (در مشرق شوشتر در خوزستان) بود كه «گيل گرد يا اندهشن» نام داشت و آنرا «انوشبرد يا قلعه فراموشي» نيز مي خواندند زيرا نام زندانيان و حتي آن مكان را كسي نبايستي بر زبان ميراند .
خلع در تاريخ نقل شده كه قباد پارشاه ايران به مذهب مزدك گرويد نجباء و روحانيون اجتماع كرده او را خاع و جاماسب برادر او را بر تخت نشاندند جاماسب برادر خود قباد را (در سال ٤٩٨ ميلادي) در قلعه فراموشي حبس كرد .
پس از فتح مسلمين نيز هر حاكم و صاحب نفوذ در حوزه قدرت خود ، محلي را براي حبس كردن افراد بنا نموده و متهمين را در آنجا نگهداري مي كرد . زندانيان وضع رقت باري داشتند .

قديمي ترين زندان بزرگ در تهران ، زنداني به نام انبار شاهي بود كه در زير نقارخانه ارك (محل فعلي بانك ملي بازار) قرار داشت و زير نظر حاجب الدوله (رئيس تشريفات) اداره مي شد . فراشباشي ، رئيس اجرائيات و فراشها نگهبانان انبار شاهي بودند .

غذاي زندانيان بسيار ناچيز بود . مردم به عنوان نذر ، گاهي از سوراخ زندان غذا و خوراكي براي زندانيان مي انداختند . اصلاح سر و صورت ، حمام و نظافت وجود نداشت . زندانيان ده الي چهارده نفري به وسيله زنجيري كه داراي طوقهاي متعدد آهني بود بهم متصل مي شدند و انتهاي زنجير را از سوراخ درب اطاق زندان به خارج برده و به وسيله ميخ آهني بزرگي مانند افسار به زمين مي كوبليدند . فاصله طوقها از هم ١٠ سانتيمتر بود و به هريك از زندانيان دو شاخه چوبي به طول ٢٥ الي ٣٠ سانتيمتر داده مي شد تا هنگام خستگي و فشار زنجير در گردن ، آنرا زير طوق قرار دهند تا از سنگيني آن كاسته شود . زندانيان هنگام قرار دادن طوق به گردن خويش آنرا مي بوسيدند زيرا معروف است كه حضرت موسي ابن جعفر عليه السلام ، در زندان هارون الرشيد مدتي در زنجير بوده است براي جلوگيري از فرار زندانيان ، وسط قطعه چوبي به طول ٦٠ و به قطر ٢٠ سانتيمتر را به اندازه كف پاي زنداني تراشيده و پاي زنداني را در آن قرار مي دادند و بعد قطعه چوبي را بوسيله ميخهاي بزرگي كه به «گل ميخ» معروف بود روي آن مي كوبيدند تا مانع خروج پا از آن شود .
در سال ١٣٩٢شمسي دولت ايران به منظور سروسامان دادن به وضع (نظميه) شهرباني كشور ، عده اي مستشار از كشور سوئد استخدام كرد . مستشاران سوئدي ابتدا نظامنامه محابس (آئين نامه زندانها) را تهيه كردند كه در سال ١٢٩٨ شمسي به تصويب هيئت دولت رسيد . در اين آئين نامه ، زجر بدني و زنجير كردن زندانيان ممنوع گرديد .
در دوره سرتيپ درگاهي رئيس شهرباني وقت ، نظامنامه تشكيلات محابس و توقيف گاهها و وظايف مأمورين و مستخدمين آنها تهيه و در ٣١ شهريور ماه ١٣٠٧ شمسي به تصويب هيئت وزيران رسيد و در همان سال ، نظامنامه (آئين نامه) اجراي حكم اعدام نيز تصويب و به مورد اجرا گذارده شد .
در سال ١٣٠٨ شمسي ، اولين زندان ايران (زندان قصر) جهت نگجهداري ٦٠٠ نفر محكوم بنا گرديد . پس از شهريور ١٣٢٠ تحت تأثير علل ناشي از جنگ جهاني دوم ، به تعداد بزهكاران ايران مانند اكثر كشورهاي جهان افزوده شد و زندانها را با كمبود جا مواجه ساخت .
در ٢١ مهرماه ١٣٤٧ اولين آئين نامه زندانها با توجه به اصول علم زندانها به تصويب رسيد و در سال ١٣٥٤ آئين نامه مذكور اصلاح شد لكن به علت عدم امكانات ، اكثر مفاد آن اجرا نگرديد .
در آئين مقدس اسلام همواره درباره نحوه برخورد انساني ، اسلامي و با محبت با زندانيان تأكيد شده است و در اين راستا چه زيبا و شيوا امام راحل قدس «ره» فرمودند كه :
زندانها بايد دانشگاه باشد .
و براساس سوره مباركه والعصر كه مي فرمايند : « والعصر . ان الانسان لفي خسر» انسان هر آينه در زيانكاري است . مگر اينكه دو شرط را دارا باشد . اول ايمان آورده باشد ، دوم صبور به حق باشد . در يك جمع بندي هدف از زندان در جمهوري اسلامي ايران ، مي توان به فراست دريافت كه زندان ، محل بازسازي ، تزكيه نفس ، اتكاء به نفس و نهايتا بازگشت به خويشتن و رسيدن به مرز توبه است و در يك نگاه اهداف را با «اعطاي مرخصي هاي ضروري ؛ ملاقاتهاي خصوصي و حضوري ، امدادهاي مددكاري توسط مددكاران ، اعطاي عفوهاي عمومي و موردي ؛ مشروط و تخفيف مجازات ، آموزش هاي مختلف از قبيل ، دين درماني ، روان درماني ، تأثير درماني و ديگر شيوه هاي پسنديده همراه با به سازي و زيبا سازي زندانها و تأمين بهداشت و درمان و تغذيه خوب»، از حالت بيان خارج و به مرحله عمل پوشش داده است . پس مي توان مدعي شد هدف از زندان در نظام مقدس اسلام علاوه بر بازسازي روحي و جسمي زنداني ، در تحكيم و دوام كانون مقدس خانواده نيز موثر واقع شده و اصلا كوشا هم بوده است .

در حال حاضر اگرچه واژه زندان ، خشونت ، رنج و عذاب ، شكنجه و درد ، را در مخيله ها تداعي مي كند و حتي عده اي مدعي اين رفتارند ، اما بينش شرعي ، عرفي اسلام پايه را براساس محبت قرار داده است . زيرا كه از محبت خارها گل مي شوند . نمود شخص ادعاي نظام جمهوري اسلامي ، خاري است كه هر روز سر راه رسول اكرم (ص) قرا داشت و كثافات و خاك روبه ها بر سر حضرتش مي ريخت ، اما روزي كه اين خار نبود . بزرگواري ، ايثار ، محبتهاي بي شائبه پيامبر عظيم شأن باعث آن شد كه به ديدارش بشتابد وي را از شاخسار سلامت بر بستر بيماري عيادت كند و تبديل به گل نمايد . (داستان مرد يهودي كه بر سر حضرت رسول اكرم (ص) هر روز خاشاك مي ريخت.) حال با يك نگرش نام مقدس اسلامي ايران براساس محبت بجا و به حق و فرمايش خداي مهربان «ان الله يحب التوابين» ، بر كوهپايه هاي رفيع سخاوت اسلامي با صلابت و ايمان گام بر مي دارد و به پيش مي تازد و موفق مي شود . مگر نه اينكه اولين اختر تابناك امامت علي (ع) در بستر جراحت و مسموميت زخم شمشير فردي نابكار و لعنتي ، فرمود تا شير را اول به اسير «زنداني» دادند ؟

يك هدف امروز ما هزاران نمود مشخص براي شيوه انتخابي و تعبير از زندان در جمهوري اسلامي داريم كه هر نمود مبين و تمامي اهداف در يك جمله «زندان ، محل بازسازي ، تزكيه و بازگشت به خويشتن است كه به يك هدف معتبر وصل مي شوند.»

مديريت در زندانها نيازمند مهارت هاي تخصصي ، و همچنين ايمان به خدا و ابتكار و خلاقيت است . البته مديريت تنها علم نيست بلكه با هنر همراه است . تا آنجا كه با دانستن مربوط مي شود ، علم و آنجا كه با توانستن سر و كار دارد ، هنر است . لذا بينش جمهوري اسلامي جهت اعمال مديريت درست از آموزش و تجربه كافي و همچنين داراي توانمندي هاي خاصي جهت اداره زندانها برخوردار است .
پس از پيروزي انقلاب اسلامي در ٢٢ بهمن سال ١٣٥٧ تغييرات اساسي در ايران بوجود آمد . از جمله ، تغيير در زندانهاي كشور را بدنبال داشت ، و براساس مصوبه شوراي انقلاب اسلامي در تاريخ ١٣ شهريور ١٣٥٨ زندانها از شهرباني منفك و به شوراي سرپرستي زندانها محول شد و . سپس در بهمن سال ١٣٦٤ با تصويب مجلس شوراي اسلامي به : سازمان زندانها و اقدامات تأميني و تربيتي كشور تبديل شد